Estão abertas as candidaturas aos Programas de Doutoramento do ISEG.
O ISEG, confere o grau de doutor nos seguintes ramos de conhecimento, em que realiza investigação relevante e de qualidade: Economia, Gestão, Matemática Aplicada à Economia e Gestão, História Económica e Social, Sociologia Económica e das Organizações e Estudos de Desenvolvimento.
Estes programas de doutoramento são programas de 3º ciclo, devidamente adequados a Bolonha e constituem uma oportunidade de se adquirir conhecimento científico avançado e desenvolver capacidades para investigação teórica e aplicada nas respectivas áreas.